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分子篩的凝膠過濾是通過分子大小來分離不同的物質的，很多時候用于蛋白溶液的脫鹽；對于成分分子量大小確定的蛋白溶液，可以通過比較分子量大小估計目的蛋白的洗脫時間，如果不確定各種蛋白的性質，只能接下每個蛋白峰然后鑒定，那應該怎么通過分子量大小的比較，來估計目的蛋白的洗脫時間？
分子量大的，不能進入凝膠內孔，洗脫時間短，分子量小的，會進入凝膠內孔，洗脫時間長，但是這是相對的，比如兩個大蛋白分子，都不能進入內孔，那么他們會同時洗脫出來，不能分離，所以凝膠適用于分子量差別較大的蛋白之間的分離。
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